Notre histoire commence en CE 76, 2 ans après la dernière guerre qui a fait de nombreuse victimes. Les Coordinateurs et les Naturels ont signé un nouveau traité, ce qui promit à une paix durable. Mais cette paix ne durera finalement pas très longtemps car une nouvelle guerre est sur le point de commencer. Le Serpent Tail se fait connaitre au monde comme étant une organisation qui regroupe tout les êtres d'une nouvelle race, les Tail. Les Tail ne possède pas de "SEED" mais le "HEROES" qui se déclenche dés qu'un soldat pilote un Mobile Suit. Ce mode permet au pilote de se lier à son Mobile Suit, et ainsi ne faire plus qu'un avec lui ce qui le rend le pilote extrêmement agile à bord de sa machine. Le dirigeant de cette organisation à annoncer qu'il comptait éliminé Coordinateurs et Naturels, et qu'il créerait un monde uniquement constitué de Tail. N'importe qui peut être un Tail en se rendant à Serpent Tail et en recevant une injection de nouvelle molécule mise au point par les scientifiques de Serpent Tail.
Vous l'aurez comprit, les Coordinateurs et les Naturels devront donc travailler ensemble pour combattre cette nouvelle menace, tout en sachant qu'ils ne peuvent oublier le passer. La question est, Coordinateurs et Naturels peuvent-ils éliminé, ensemble, le Serpent Tail ?